Tháng 5 năm 2010, Rolling Stone xuất bản thêm một danh sách thứ hai qua dạng ấn phẩm trên tạp chí và trên mạng cho ứng dụng iPod và iPad. Danh sách có sự thay đổi so với danh sách cũ, với sự xuất hiện của các bài trong thập niên 2000s ngoại trừ hai bài "Juicy" của The Notorious B.I.G. (1994) và "Big Pimpin'" của Jay-Z (1999). Toàn bộ top 25 không đổi. Mặc dù top 100 có nhiều xáo trộn, bài hát mới duy nhất là bài hát "Crazy" của Gnarls Barkley (#100)

Thập niên 1960 vẫn là thập niên có nhiều bài hát nhất, với 195 bài trong danh sách

U2 và Jay-Z đều có hai bài mới trong danh sách, mặc dù Jay-Z còn xuất hiện trong hai bài hát nữa với chức năng song ca: bài "Crazy in Love" của Beyoncé Knowles, và "Umbrella" của Rihanna:

• "Crazy" của Gnarls Barkley (#100)
• "Crazy in Love" của Beyonce và Jay-Z (#118)
• "Moment of Surrender" của U2 (#160)
• "99 Problems" của Jay-Z (#172)
• "Rehab" của Amy Winehouse (#194)
• "Paper Planes" của M.I.A. (#236)
• "Mississippi" của Bob Dylan (#260)
• "Jesus Walks" của Kanye West (#273)
• "Seven Nation Army" của The White Stripes (#286)
• "One More Time" của Daft Punk (#307)
• "Take Me Out" của Franz Ferdinand (#327)
• "Beautiful Day" của U2 (#345)
• "Maps" của Yeah Yeah Yeahs (#386)
• "Umbrella" của Rihanna và Jay-Z (#412)
• "Juicy" của The Notorious B.I.G. (#424)
• "American Idiot" của Green Day (#432)
• "In da Club" của 50 Cent (#448)
• "Get Ur Freak On" của Missy Elliott (#466)
• "Big Pimpin'" của Jay-Z và UGK (#467)
• "Last Nite" của The Strokes (#478)
• "Since U Been Gone" của Kelly Clarkson (#482)
• "Cry Me a River" của Justin Timberlake (#484)
• "Clocks" của Coldplay (#490)
• "Time to Pretend" của MGMT (#493)
• "Ignition" của R. Kelly (#494)
• "The Rising" của Bruce Springsteen (#497)

The Crystals là nhóm nhạc duy nhất có 2 bài bị rơi khỏi danh sách. Các bài bị rơi khỏi danh sách gồm:

• "Da Doo Ron Ron" của The Crystals (#114)
• "Lose Yourself" của Eminem (#166)
• "Sh-Boom" của The Chords (#215)
• "Band of Gold" của Freda Payne (#391)
• "Kicks" của Paul Revere & the Raiders (#400)
• "I Believe I Can Fly" của R. Kelly (#406)
• "Crossroads" của Cream (#409)
• "Lola" của The Kinks (#422)
• "Devil With A Blue Dress On/Good Golly Miss Molly" của Mitch Ryder & The Detroit Wheels (#428)
• "Keep A-Knockin'" của Little Richard (#442)
• "By the Time I Get to Phoenix" của Glen Campbell (#450)
• "Stagger Lee" của Lloyd Price (#456)
• "One Fine Day" của The Chiffons (#460)
• "Search and Destroy" của The Stooges (#468)
• "It's Too Late" của Carole King (#469)
• "Free Man in Paris" của Joni Mitchell (#470)
• "On the Road Again" của Willie Nelson (#471)
• "One Nation Under a Groove" của Funkadelic (#474)
• "Graceland" của Paul Simon (#485)
• "Rhiannon" của Fleetwood Mac (#488)
• "You Don't Have to Say You Love Me" của Dusty Springfield (#491)
• "Then He Kissed Me" của The Crystals (#493)
• "Desperado" của Eagles (#494)
• "Rainy Night in Georgia" của Brook Benton (#498)
• "The Boys Are Back in Town" của Thin Lizzy (#499)
• "More Than a Feeling" của Boston (#500)